Sæby blev købstad i 1524, og den første del af udstillingerne på Sæby Museum viser elementer fra købstadens udvikling fra Børglumbispernes og Vendsyssels førende havneby i middelalderen med med kirke og kloster.
Sæby var en betydelig handelsby og museets samling af sølvsmedearbejder illustrerer byens tidligere økonomiske format, men i løbet af renæssancen stagnerede udviklingen, byen gik i stå, og måtte frem til 1800tallet for igen at opleve fremgang og vækst.