Nordjyllands Kystmuseum arbejder især med forandring, variation og kontinuitet i menneskers livsvilkår både på land og til vands både hvad angår den menneskeskabte kultur, de levn og erhverv, som Kattegatkysten gennem tiden har givet befolkningen mulighed for at drive. Museet har fiskerihistorie, søfartshistorie, købstadshistorie, herregårdshistorie, besættelsestid, skolehistorie og turisthistorie som særligt fagligt indsatsområde. Nordjyllands Kystmuseum har desuden marinearkæologisk ansvar i Nordjylland, nærmere bestemt i det tidligere Nordjyllands Amt.

Kystmuseum er en del af det samlede danske offentlige museumsvæsen og museet arbejder for sikringen af Danmarks samlede kulturarv. Museets medarbejdere samarbejder med andre museer inden for fælles arbejdsområder, lige som vi inden for vores ansvarsområde samarbejder med de myndigheder, der varetager fredning og fysisk planlægning. Ligeledes samarbejder Nordjyllands Kystmuseum med turist- og erhvervslivet om forskelligartede formidlingsprojekter.

Nordjyllands Kystmuseum samarbejder med flere andre museer i Danmark såvel som internationalt. Flere af projekterne er støttet af Eu-programmet, Interreg.